Oprogramowanie

Firma Bruker oferuje użytkownikom zaawansowane rozwiązania bioinformatyczne ułatwiające i przyśpieszające proces analityczny. Dedykowane różnym obszarom zastosowań pakiety oprogramowania umożliwiają wielowymiarową analizę danych pochodzących z różnego rodzaju projektów badawczych.Nasze oprogramowanie można podzielić na kilka działów, z których wybrane opisane są poniżej:
Więcej o rozwiązaniach bioinformatycznych… 

Obsługa urządzeń

Compass

Zunifikowana platforma programowa integrująca moduły odpowiedzialne za kontrolę i sterowanie spektrometrem, pomiar i obróbkę danych oraz analizę widm. Moduł Hystar™ umożliwia sterowanie większością popularnych systemów HPLC i ich elementów, dzięki czemu kontrola całego układu LC-MS odbywa się z poziomu jednej stacji roboczej. Compass zapewnia zgodność z FDA 21CFR, Part 11 oraz regulacjami UE (opcja Compass Security Pack). Obsługuje pułapki jonowe, spektrometry ESI-TOF, MALDI-TOF i FTMS.

 

Compass OpenAccess
Pakiet oprogramowania (rozszerzenie Compass’a) typu klient/serwer przeznaczony dla spektrometrów LC-ESI-MS/MS (pułapki jonowe i seria micrOTOF). Umożliwia uproszczoną obsługę wielu użytkowników – również tych początkujących. Dzięki predefiniowanym metodom analitycznym (SOP), uproszczonemu interfejsowi graficznemu (GUI) i skryptom automatyzacyjnym pozwala na przeprowadzenie badania w kilku prostych krokach. Compass OA zaprojektowano z myślą o możliwości utworzenia sieciowego systemu obróbki danych opartego na serwerze lub w wersji zdecentralizowanej.

 

Proteomika

BioTools

BioTools to potężne narzędzie służące analizom proteomicznym, stworzone z myślą o przetwarzaniu danych pochodzących zarówno z szeroko zakrojonych badań przesiewowych, generujących ogromne ilości danych, jak i wnikliwych analiz pojedynczych białek (np. badanie modyfikacji postranslacyjnych). BioTools wspiera automatyczne opisywanie widm MS i MS/MS, przeszukiwanie baz danych, analizę modyfikacji posttranslacyjnych, określanie struktur białkowych i sekwencjonowanie de novo (opcja RapiDeNovo). Oprogramowanie BT jest też częścią pakietu Proteinscape.

Proteinscape™

ProteinScape jest platformą bazodanową przeznaczoną do zarządzania dużymi projektami proteomicznymi, uwzględniającą analizy oparte na żelach i chromatografii cieczowej. Pozwala utworzyć bazę danych projektów badawczych o nieograniczonych rozmiarach (nawet ponad milion widm). ProteinScape integruje dane uzyskane z pomocą różnych spektrometrów mas pracujących z różnymi metodami jonizacji (ESI, MALDI), fragmentacji (CID, ETD, ECD) oraz platform różnych producentów (przy użyciu plików określonych formatów). Posiada wbudowany algorytm walidacji wyników (z identyfikacją tzw. false-positives) oraz umożliwia zaawansowane przeszukiwania bazy danych (również automatyczne).
ProteinScape oferuje wsparcie dla analiz ilościowych (label-free oraz SILE – ICAT, ICPL, iTRAQ etc) oraz integruje różne mechanizmy wyszukiwania t.j. MASCOT, Phenyx, etc. Dodatkowo umożliwia integrację wyników przeszukiwania wielu internetowych baz danych, a dzięki algorytmom MetaScore oraz ScoreBooster optymalizuje wyniki ich przeszukiwania usuwając powtarzające się pozycje. Generator raportów pozwala tworzyć zestawienia wyników analiz w jasnej i przystępnej formie, zgodnej z dzisiejszymi wymaganiami dot. przedstawiania danych do publikacji.
Nasze oprogramowanie jako pierwsze zintegrowało również moduł do analiz glikanów – GlycoQuest (od wersji 3.0).
Wspiera standard mzData rozwinięty przez HUPO Proteomics Standards Initiative.

Pobierz ulotkę (2,2MB)

więcej…

Metabolomika

MetaboliteTools

Jest to pakiet przeznaczony do analiz metabolitów i małych cząsteczek – umożliwia m.in. porównywanie dwóch próbek. Składa się z modułów:

  1. MetabolitePredict będący narzędziem do tworzenia list potencjalnych metabolitów,
  2. MetaboliteDetect służący analizie danych LC/MS przy pomocy zaawansowanego algorytmu eXpose.

MetaboliteTools obsługuje również dane pochodzące z detektorów UV i DAD.

ProfileAnalysis

ProfileAnalysis to pakiet przeznaczony do statystycznych analiz złożonych danych pochodzących z dużej ilości próbek. Opiera się na metodzie PCA (ang. Principle Component Analysis) obrazującej rozkład próbek na wykresie (ang. score plot) oraz szeregującym zmienne w zależności od rozbieżności, które opisują. Umożliwia analizy wielu zmiennych wraz z walidacją krzyżową lub zestawem testowym.

PA jest elementem zaawansowanego rozwiązania MetaboScape dedykowanego niecelowanym analizom metabolomicznym.

Pobierz ulotkę (4,0MB)

więcej…

Do celowanych analiz metabolomicznych przeznaczony jest pakiet PathwayScreener.

Pobierz ulotkę (1,0MB)

Oba ww. rozwiązania (celowane i niecelowane) mogą działać równolegle wykorzystując te same dane uzyskane z jednego pomiaru przy pomocy systemu QTOF firmy Bruker.